Identifizierung von mit HMGA2 interagierenden Proteinen

Inhaltsverzeichnis

• Abkürzungsverzeichnis
• Einleitung
• Materialien
  • Geräte und Verbrauchsmaterialien
  • Chemikalien
  • Lösungen und Puffer
  • Medien
  • Hefestämme
  • Bakterienstämme
  • DNA-Molekulargewichtsmarker
  • Primer
  • Vektoren
  • Kits
  • Enzyme
  • Software
• Methoden
  • Kultivierung von Prokaryoten
    • Kultivierung von Prokaryoten auf Agarplatten
    • Flüssigkulturen von Prokaryoten
    • Anlegen von Glycerolstocks
  • Kultivierung von Eukaryoten
    • Kultivierung von Eukaryoten auf Agarplatten
    • Flüssigkulturen von Eukaryoten
  • Isolierung von Plasmid DNA aus Prokaryoten
    • Plasmid Midiprep mittels QIAGEN® Plasmid Midi Kit
    • Plasmid Maxiprep mittels QIAGEN® Plasmid Maxi Kit
    • Schnelle DNA-Isolierung
  • Isolierung von Plasmid DNA aus Eukaryoten
    • DNA-Isolierung aus S. cerevisiae mittels QIAprep® Spin Miniprep Kit
    • DNA-Isolierung aus S. cerevisiae mittels QIAGEN® Plasmid Mini Kit und Lyticase
  • Konzentrations- und Reinheitsbestimmung
    • Konzentrations- und Reinheitsbestimmung mittels Photometrie
    • Konzentrationsbestimmung mittels Agarose-Gelelektrophorese
  • Restriktionsverdau
    • Restriktionsverdau zum Qualitätstest von Plasmiden
    • Restriktionsverdau zur Klonierung von DNA-Fragmenten
  • Dephosphorylierung
  • Ligation
  • Agarose-Gelelektrophorese
  • Aufreinigung von DNA aus einem Agarosegel
    • Aufreinigung von DNA mittels QIAquick™ Gel Extraction Kit
    • Aufreinigung von DNA mittels QIAEX® II Gel Extraction Kit
  • PCR-Purification mittels QIAquick™ PCR Purification Kit
  • Transformation in Prokaryoten
    • Herstellung thermokompetenter Bakterien E. coli DH5α
    • Thermotransformation in Prokaryoten
    • Ermittlung der Transformationseffizienz
  • Transformation in Eukaryoten
    • Herstellung kompetenter Hefezellen S. cerevisiae AH109
    • PEG/LIAc-Transformation in Eukaryoten (Gietz et al., 1992)
    • Ermittlung der Transformationseffizienz
  • Polymerase Kettenreaktion
    • Ermittlung der optimalen Annealing-Temperatur mittels Gradienten-PCR
    • PCR zur Überprüfung der PEG/LiAc-Transformation in Eukaryoten
  • Sequenzierung
• Ergebnisse
  • Isolierung von Plasmid DNA und Überprüfung der Vektoren
    • Photometrische Konzentrationsbestimmung isolierter Plasmid DNA
    • Restriktionsverdau zur Überprüfung der Vektoren pGBKT7 und pET-3a-HMGA2
  • Klonierung von HMGA2 in PGBKT7
    • Restriktionsverdau der Vektoren pET-3a-HMGA2 und pGBKT7
    • Ligation des Vektors pGBKT7 mit dem HMGA2-Insert
  • Transformation des Vektors PGBKT7-HMGA2 in E. coli
    • Zählung der gewachsenen Klone und Ermittlung der Transformationseffizienz
    • Restriktionsanalysen des Vektors pGBKT7-HMGA2 nach Schnellprep
    • Photometrische Konzentrationsbestimmung nach Midiprep
    • Restriktionsverdau nach Midiprep
  • Sequenzierung
  • Transformation des Vektors pGBKT7-HMGA2 in S. cerevisiae
    • Ermittlung der Transformationseffizienz
  • PCR-Analysen
    • Gradienten-PCR zur Ermittlung der optimalen Annealing-Temperatur verschiedener Primer
    • PCR zur Überprüfung der Transformation von pGBKT7-HMGA2 in S. cerevisiae
• Diskussion
• Zusammenfassung

Zielsetzung und Themenschwerpunkte

Diese Diplomarbeit befasst sich mit der Identifizierung von Proteinen, die mit dem HMGA2-Protein interagieren. HMGA2 ist ein hochmobiles Gruppenprotein, das an der Regulation der Genexpression beteiligt ist und eine wichtige Rolle bei der Entwicklung und Zellproliferation spielt. Die Arbeit zielt darauf ab, die Interaktions-Partner von HMGA2 zu identifizieren und deren Einfluss auf die Funktion des Proteins zu untersuchen.

• Identifizierung von HMGA2-interagierenden Proteinen
• Untersuchung der Funktion von HMGA2-interagierenden Proteinen
• Analyse des Einflusses von HMGA2-interagierenden Proteinen auf die Genexpression
• Entwicklung von neuen Ansätzen zur Modulation der HMGA2-Aktivität
• Bedeutung der HMGA2-Interaktionen für die Zellentwicklung und -proliferation

Zusammenfassung der Kapitel

Das erste Kapitel dieser Arbeit bietet eine umfassende Einleitung in die Thematik der HMGA2-Protein-Interaktionen. Es werden die Struktur und Funktion von HMGA2 sowie die Bedeutung des Proteins für die Zellentwicklung und -proliferation beleuchtet. Die Kapitel drei und vier beschreiben die Methoden und Ergebnisse der experimentellen Arbeit. Es werden die verwendeten Materialien, Methoden zur Klonierung und Transformation von DNA sowie die Analyse der Interaktionspartner von HMGA2 vorgestellt. Das fünfte Kapitel diskutiert die Ergebnisse und stellt die Bedeutung der gefundenen Interaktionen für die Funktion von HMGA2 in den Kontext.

Schlüsselwörter

HMGA2, Protein-Interaktionen, Genexpression, Zellentwicklung, Zellproliferation, Klonierung, Transformation, Interaktions-Partner, Yeast Two-Hybrid System, Chromatin-Remodeling.