Bestimmung der Lösungsstruktur von H-FABP aus Rinderherz mit mehrdimensionaler NMR-Spektroskopie und Molekulardynamiksimulation

Inhaltsverzeichnis

• 1. Einleitung
• 1.1. Die Familie der Lipidbindungsproteine
• 1.2. Die Struktur des H-FABPs aus Rinderherz
• 2. Theorie und Methoden
• 2.1. Kern-Overhauser-Effekt
• 2.2. Diederwinkel
• 3. Proteinstruktur in Lösung
• 3.1. Distanzgeometrierechnungen
• 3.2. REDAC Strategie
• 3.3. DYANA
• 3.4. Energieminimierung
• 3.5.1. LINCS-Algorithmus
• 3.5.2. Periodische Randbedingungen
• 3.5.3. Das Kraftfeld
• 4. Ergebnisse und Diskussion
• 4.1. Distanzgeometrierechnungen
• 4.2. Molekulardynamikrechnung
• 4.3. Schlußfolgerungen
• 5. Zusammenfassung
• 6. Literatur
• A. Anhang
• A.1. Chemische Verschiebungen
• A.2. Stereospezifische Zuordnungen
• A.3. Diederwinkel
• A.4. NOE-Abstandsliste
• A.5. Parameterset für die Molekulardynamik

Zielsetzung und Themenschwerpunkte

Die Dissertation befasst sich mit der Bestimmung der Lösungsstruktur von H-FABP aus Rinderherz mithilfe mehrdimensionaler NMR-Spektroskopie und Molekulardynamiksimulationen. Ziel ist es, ein detailliertes Verständnis der dreidimensionalen Struktur des Proteins in Lösung zu gewinnen.

• Strukturbestimmung von H-FABP mittels NMR-Spektroskopie
• Anwendung von Molekulardynamiksimulationen zur Verfeinerung der Proteinstruktur
• Untersuchung der dynamischen Eigenschaften des Proteins in Lösung
• Analyse der Interaktionen von H-FABP mit Liganden
• Bedeutung der Proteinstruktur für die Funktion von H-FABP

Zusammenfassung der Kapitel

Das erste Kapitel bietet eine Einführung in die Familie der Lipidbindungsproteine und die Struktur des H-FABPs aus Rinderherz. Das zweite Kapitel behandelt die theoretischen Grundlagen und Methoden, die für die Strukturbestimmung verwendet wurden, wie den Kern-Overhauser-Effekt und Diederwinkel. Kapitel drei konzentriert sich auf die Proteinstruktur in Lösung, einschließlich Distanzgeometrierechnungen, REDAC-Strategie, DYANA und Energieminimierung. Die Ergebnisse und Diskussionen werden in Kapitel vier präsentiert, wobei die Distanzgeometrierechnungen und Molekulardynamikrechnungen im Detail betrachtet werden. Kapitel fünf fasst die Ergebnisse der Dissertation zusammen.

Schlüsselwörter

H-FABP, Lipidbindungsprotein, NMR-Spektroskopie, Molekulardynamiksimulation, Proteinstruktur, Lösungsstruktur, Distanzgeometrierechnungen, Diederwinkel, NOE, REDAC, DYANA, Energieminimierung.