Bachelorarbeit, 2006
118 Seiten, Note: 95%
1 Einleitung - Motivation
1.1 Prostata
1.1.1 Aufbau
1.1.2 Funktion
1.1.3 Krankheiten der Prostata
2 Stand der Wissenschaft
2.1 Untersuchungsmöglichkeiten der Prostata
2.2 Standard
2.2.1 PSA-Wert
2.2.2 UICC (5-stufig)
2.2.3 Grading der Arbeitsgruppe „Prostatakarzinom“ (3-stufig)
2.2.4 Gleason-Grading (doppel-5-stufig)
2.2.5 Klinisches Stadium
2.2.6 Nomogramm
2.2.7 Schnellschnitt-Untersuchungen
2.3 Neue Verfahren
2.3.1 Spektroskopie
2.3.2 Fluoreszenz
2.3.3 Remission und Weißlicht-Remission
2.3.4 Impedanz
2.3.5 Gewebediagnose in der Medizin
2.4 Arbeiten im Vorfeld
2.4.1 Messungen in Leipzig
2.4.2 Messungen in Chemnitz
2.4.3 Experimente in Minsk
3 Geräte, Methoden und verwendete Programme
3.1 CELIF - Geräteaufbau
3.2 Software Sophi 1.3
3.3 Software Bridge
3.4 Software Origin.Pro 7.5
3.5 Software SPSS
3.6 Software WEKA
3.7 Software MathCad
4 Experimente in Hamburg
4.1 Studiendesign und Zielsetzung
4.2 Praktische Umsetzung
5 Auswertung und Datenanalyse
5.1 Daten
5.2 Aufbereitung in Origin.Pro 7.5
5.3 CELIF-Verfahren mit 4 Parametern
5.4 Statistik-Auswertung mit SPSS
5.5 Data Mining mit WEKA
5.5.1 Das WEKA-Tool
5.5.2 Interpretation der Ergebnisse
6 Schlussfolgerungen und Ausblick
6.1 Kritische Betrachtung vorliegender Ergebnisse
6.1.1 Datenaufnahme
6.1.2 Datenanalyse
6.2 Weitere Ansätze
6.3 Andere Projekte mit ähnlicher Zielstellung
Die Arbeit verfolgt das Ziel, ein Modell zur Klassifizierung von Gewebeproben zu entwickeln, um bösartiges (malignes) von gutartigem (benignem) Prostatagewebe während einer Operation in Echtzeit unterscheiden zu können.
3.1 CELIF - Geräteaufbau
CELIF [HER04] ist ein Hybridaufbau aus kommerziell erhältlichen Einzelgeräten bzw. Bausteinen zur Messung der spektral und zeitlich aufgelösten LIF, der Weißlichtremissions-Spektroskopie sowie dielektrischer Spektroskopie (Hochfrequenz-Impedanzmessung) unter Verwendung einer gemeinsamen flexiblen Sonde und anschließender Auswertung und Archivierung der Daten.
Kernstück ist das Laserfluoreszenzspektrometer LIMES (Fa. Lasertechnik Berlin, [net05j]) zur Bestimmung der spektral und zeitlich aufgelösten laserinduzierten Fluoreszenz . LIMES verwendet einen Stickstofflaser MNL200 (λ = 337.1 nm, E = 140 µJ, ∆t = 0.5 ns, 2 Hz < f < 50 Hz) als Anregungsquelle mit der Möglichkeit zum Durchstimmen per Farbstofflaser und Frequenzverdopplung (225 < λ < 900 nm) und einer synchronen Energiemessung. Das Spektrometer-Detektor-Modul besteht in der Hauptsache aus einem Monochromator und einer ICCD (Intensified Charge-Coupled Devices) und erlaubt die Aufnahme von Spektren (235 < λ < 900 nm, ∆λ > 2 nm) und Abklingkurven (1 ns < t < 1 ms, ∆t = 5 ns) und ihre kombinierte Erfassung als sogenannte Spektrogramme. Die Steuerung des Laser- und Spektrometer-Detektor-Moduls erfolgt über die Programme Sophi 1.3 bzw. ATM (Automated Tuning Modul) . LIMES ist für die Anregung und Erfassung des Fluoreszenzlichtes mittels optischer Fasern konzipiert.
Diese Grundanordnung wurde durch eine Xenon-Weißlichtquelle XH100 der Fa. Müller, Moosinning [net06k] ergänzt, so dass eine spektral aufgelöste Messung der Geweberemission möglich wurde. Diese Remissionsdaten dienen der Korrektur des Fluoreszenzspektrums bezüglich Absorption, insbesondere bezüglich der des Hämoglobins. Laserstrahlung und Xenonlicht wurden in einem ersten Aufbau über ein Linsensystem alternativ in die
1 Einleitung - Motivation: Das Kapitel erläutert die klinische Notwendigkeit, Tumorgewebe während der Resektion sicher zu identifizieren, und führt in die wissenschaftliche Fragestellung des Projekts ein.
2 Stand der Wissenschaft: Hier werden die medizinischen Grundlagen der Prostata, die aktuellen Diagnosestandards sowie physikalische Messverfahren und Vorarbeiten in Leipzig, Chemnitz und Minsk detailliert beschrieben.
3 Geräte, Methoden und verwendete Programme: Dieses Kapitel stellt den technischen Aufbau des CELIF-Systems sowie die zur Datenaufnahme und -analyse genutzten Software-Lösungen wie Sophi, Origin.Pro und WEKA vor.
4 Experimente in Hamburg: Es wird das Studiendesign der in Hamburg durchgeführten Messungen an Prostatagewebe und die praktische Umsetzung der Datengewinnung erläutert.
5 Auswertung und Datenanalyse: Dieses Kernkapitel beschreibt die Aufbereitung, statistische Auswertung und das Data Mining der gewonnenen Messdaten zur Gewebeklassifizierung.
6 Schlussfolgerungen und Ausblick: Eine kritische Betrachtung der Ergebnisse und eine Diskussion über potenzielle Verbesserungen sowie zukünftige Forschungsansätze bilden den Abschluss.
Prostatakarzinom, CELIF, Fluoreszenzspektroskopie, Impedanzspektroskopie, Weißlicht-Remission, Data Mining, WEKA, statistische Klassifikation, Hauptkomponenten-Analyse, Diskriminanz-Analyse, Tumorgewebe, medizinische Diagnostik, neuronales Netz, Gewebeklassifizierung.
Die Arbeit befasst sich mit der Entwicklung und Erprobung eines messenden Gerätesystems zur intraoperativen Unterscheidung von gesundem und bösartigem Gewebe bei Prostata-Tumor-Operationen.
Die Themenfelder umfassen Medizin, Medizinphysik und Informatik, insbesondere die Spektroskopie (Fluoreszenz und Remission), die Impedanzanalyse und die Anwendung von Algorithmen des Data Minings zur Datenklassifizierung.
Das primäre Ziel ist es, bösartige von gutartigen Gewebebereichen während der Operation sicher unterscheiden zu können, um so eine vollständigere Entfernung von Tumorgewebe bei gleichzeitiger Schonung funktionswichtiger Nerven zu ermöglichen.
Es wird eine multimodale Analyse verwendet, die laserinduzierte Fluoreszenz, Weißlicht-Remission und elektrische Hochfrequenz-Impedanzmessung kombiniert und die Daten mit statistischen Modellen und Data-Mining-Algorithmen (wie k-nächste-Nachbar, Entscheidungsbäume und neuronale Netze) auswertet.
Der Hauptteil behandelt den Geräteaufbau (CELIF), die Durchführung der klinischen Messungen in Hamburg, die Datenaufbereitung mit Software-Tools und die verschiedenen Ansätze zur Datenanalyse.
Wichtige Begriffe sind Prostatakarzinom, CELIF-System, Spektroskopie, Data Mining (WEKA) und die Klassifizierung von biologischen Gewebestrukturen.
Da der Tumor oft nicht sichtbar ist und Gefäß-Nerven-Bündel für die Erektionsfähigkeit sehr nahe am Gewebe verlaufen, ist ein blinder Sicherheitsabstand bei der Resektion oft problematisch.
Eine schnelle Messung (innerhalb von ca. 10-15 Minuten nach der Entnahme) ist essentiell, da durch einsetzende Nekrose (Zelltod) die fluoreszierenden Eigenschaften des Gewebes, speziell des Fluorophors NADH, verloren gehen.
Die Anwendung von Data-Mining-Verfahren konnte eine Klassifizierungsgenauigkeit von bis zu 100% bei Trainingsdaten erzielen, wobei für die Testdaten je nach Methode Wahrscheinlichkeiten zwischen 67,8% und 84,7% erreicht wurden.
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